비영리법인이 고유목적사업에 사용한 부동산을 처분한 경우 법인세 과세대상 여부

「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 「법인세법 시행령」 제3조 제2항에 따라 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(과세대상 수익사업 제외)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외하는 것임

[회신] 비영리내국법인의 과세대상 수익사업은 「법인세법」 제4조 제3항 제1호에 따라「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 「법인세법」시행령 제3조 제1항 각 호의 사업을 제외한 사업 중 수입이 발생하는 사업을 말하는 것입니다. 또한「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 「법인세법 시행령」 제3조 제2항에 따라 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(과세대상 수익사업 제외)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인은 ‘93년 노동부 인가를 받아 설립된 비영리법인으로 직업능력개발훈련, 평생교육시설기관을 운영 중임 | [정관] 요약 제4조(사업) 이 법인은 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 행한다. 1. 근로자직업능력개발법에 의한 직업능력개발훈련 2. 기업체의 근로자의 위탁훈련 3. 기타 인력개발 및 기술개발에 관한 교육훈련 4. 평생교육시설 운영 5. 학교유지운영에 따른 수익사업 6. 법인 유휴시설에 대한 임대 사업 | ○ 질의법인은 정관상 사업에 사용하던 부동산을 ’20.0.00. 처분하여 처분이익 000억원이 발생함 2. 질의내용 ○ 정관상 목적사업에 사용하던 부동산을 처분하여 발생한 처분이익이 과세대상에 해당하는 지 3. 관련법령 ○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 ② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2.~4. <생략> 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. ○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 1.~2. <생략> 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업 가. 「유아교육법」에 따른 유치원 나. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교 다. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다) 라. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교 마. 「평생교육법」 제31조제4항 에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설 ② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 다음 각 호의 구분에 따른 수입을 말하며, 제1호와 제2호에 모두 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 수입 중 큰 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 본다. 1. 유형자산 및 무형자산의 처분일( 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제25조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우: 해당 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 이 경우 비영리내국법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 당시의 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 한다. ○ 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 1. 다음 각 목의 금액 가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다. 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. ○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가. 「사립학교법」에 따른 학교법인 나. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단 다. 「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」 제32조 에 따른 비영리법인 ○ 평생교육법 제31조 【학교행태의 평생교육시설】 ④ 「초ㆍ중등교육법」제54조제4항에 따라 전공과를 설치ㆍ운영하는 고등기술학교는 교육부장관의 인가를 받아 전문대학졸업자와 동등한 학력ㆍ학위가 인정되는 평생교육시설로 전환ㆍ운영할 수 있다. 이 경우 전공대학의 명칭을 사용할 수 있다. ○ 평생교육법 제33조 【원격대학형태의 평생교육시설】 ① 누구든지 정보통신매체를 이용하여 특정 또는 불특정 다수인에게 원격교육을 실시하거나 다양한 정보를 제공하는 등의 평생교육을 실시할 수 있다. ② 제1항에 따라 불특정 다수인을 대상으로 학습비를 받고 교육을 실시하고자 하는 경우( 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」 제2조의2제1항제1호 의 학교교과교습학원에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 교육감에게 신고하여야 한다. 이를 폐쇄하고자 하는 경우에는 그 사실을 교육감에게 통보하여야 한다. ③ 제1항에 따라 전문대학 또는 대학졸업자와 동등한 학력ㆍ학위가 인정되는 원격대학형태의 평생교육시설을 설치하고자 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 교육부장관의 인가를 받아야 한다. 이를 폐쇄하고자 하는 경우에는 교육부장관에게 신고하여야 한다.